پنداشتم صدایی می شنوم که بانگ می زد : «دیگر مخوابید! مکبث خواب را می کُشد» خواب بی گناه، خوابی که گره از کلاف سر در گم دلهره ها می گشاید، خواب، مرگ زندگی روزانه، گرمابه کار دردناک، مرهم روان های زخمگین، دومین سرچشمه طبیعت پنهاور، بهترین خوش خوران زندگی! (شکسپیر، مکبث، مجلس دوم، ترجمه داریوش آشوری). 

در قرن 17 پزشکی از دکترینی که تا آن زمان تحت تأثیرش بود، تغییر عمده ای پیدا کرد و جهت گیری های پزشکی، عمدتاً رنگ و بوی علمی گرفت. در این عصر که عصر انقلاب علمی هم نامیده می شود، بزرگان تاریخ علم مانند فرانسیس بیکن، ویلیام هاروی و مارسلو مالپیگی پا به عرصه حیات گذاشتند. انقلاب علمی با نظریات رنه دکارت (1650-1596) شروع به تحول کرد. او نظریات ارسطو را رد کرد و نظریاتی مکانیستیکی عرضه کرد که هنوز هم در علم رویکرد مهمی تلقی می شود. دکارت مدل هیدرویک خواب را معرفی کرد، که در ان غده صنوبری تمامیت بطن های مغزی را برای نگه داشتن حالت هشیاری حفظ می کند. از بین رفتن روح حیوانی از غده صنوبری باعث می شود بطن ها از بین بروند، و در نتیجه خواب ایجاد شود. در ادبیات نیز شکسپیر بارها در نوشته هایش به موضوع خواب اشاره کرده است و به قدری بی خوابی را خوب به تصویر می کشد، که به نظر می رسد خودش هم از مشکل بی خوابی رنج می برده است: «ای خواب، ای خواب مهربان، ای پرستار پرملاطفت طبیعت! چه سانت رمانده ام که دیگر پلک هایم را سنگینی نمی بخشی و حواسم را در فراموشی غرقه نمی کنی ...». فرانسیس بیکن هم جمله جالبی در مورد خواب دارد که هر چند در آن زمان اساس علمی نداشت، اکنون مابازای آن را می توانیم در نظریات امروزی ببینیم :«کسی خوب می خوابد که نداند بد می خوابد».

عصب شناسان بزرگی به نام توماس ویلیس (Thomas Willis) و توماس سیدنهام (Thomas Sydenham) در مورد اصول و درمان در عصب شناسی بالینی مطالبی نوشتند. ویلیس باعث افزایش درک ما از انواع بیماری های خواب مانند سندرم پاهای بی قرار، کابوس، و بی خوابی شد. او تشخیص داد که عناصر درون قهوه می توانند از خواب جلوگیری کنند و خواب یک بیماری نیست، بلکه نشانه ای از علل دیگر است. چهار فصل از کتاب او به نام اصول فیزیک مربوط به بیماری هایی است که موجب خواب آلودگی و بی خوابی می شود. او نیز مانند دکارت معتقد بود که روح حیوانی درون بدن انسان در هنگام خواب استراحت می کند. با این حال او معتقد بود که آن قسمت از روح حیوانی که در مخچه قرار دارد، در طول خواب فعال باقی می ماند تا کنترلش را بر فیزیولوژی حفظ کند. او معتقد بود بخشی از روح حیوانی در طول خواب به طور متناوب آزاد شده و باعث رؤیا دیدن می شود. او همچنین به توصیف سندرم پاهای بی قرار پرداخت که در آن اخلاط حیوانی به اعصاب بر می گردند و موجب حرکت اندام می شوند. وی همچنین کشف کرد که تنتور که محلولی از پودر خشخاش است، می تواند سندرم پاهای بی قرار را درمان کند.

کارل لینه (Carl Linnaeus) در قرن هیجدهم، یک طبقه بندی جدید از گیاه شناسی ارائه داد. او همچنین نقش مهمی از درک امروز ما از ریتم های طبیعت از جمله ریتم شبانه روزی داشت. سنکتوریوس (Sanctorius)، برای نخستین بار ساعت بیولوژیکی بدن خودش را مورد آزمون قرار داد. در نهایت در سال 1729 ژان ژاک دی میران (Jean-Jacques de Mairan) موفق به کشف ریتم شبانه روزی شد. دی میران  پس از مشاهده باز و بسته شدن برگ های گیاهان در هنگام نور و تاریکی به کشف خود دست یافت و گفت در بیماران زمین گیر، مشاهده می شود که آن ها هم در هنگام شب خواب آلوده تر هستند. یکی از چهره های سرشناس قرن هیجدهم آلبرشت فون هالر (Albrecht Von Haller) بود. او در بسیاری از علوم از جمله پزشکی نقش مهمی داشت. او در یکی از آثار تأثیر گذارش به نام عناصر فیزیولوژی 36 صفحه در مورد فیزیولوژی خواب مطلب نوشته و در آن یک نظریه در مورد سبب شناسی خواب ارائه کرد. او معتقد بود که خواب ناشی از جاری شدن خون به مغز است که بر روی مغز فشار وارد می کند و بنابراین منجر به خواب می شود. در قرن نوزدهم، نظریه فون هالر، گسترش یافت و تبدیل به نظریه انباشتگی شد که تا اوایل قرن بیستم هم طرفدارانی داشت. او رؤیا را نوعی بیماری می دانست. 

در قرن 17 و 18 با وجود پیشرفت هایی که در نگاه علمی به خواب اتفاق افتاد، در زمینه درمان، پیشرفت چندانی حاصل نشد. هنوز استفاده از افیون ها و سایر گیاهان دارویی اصلی ترین درمان مشکلات خواب در نظر گرفته می شد. با این وجود برخی از درمان های باستانی مانند حجامت و سحر و جادو کمتر شد، اما همچنان ادامه داشت. پس از انقلاب کبیر فرانسه، پیشرفت هایی در زمینه بهداشت و توجه به خدمات درمانی اتفاق افتاد. با این وجود هنوز حقه بازی ها و فریب کاری ها در زمینه پزشکی خواب وجود داشت. یکی از این چهره ها فرانس آنتون مسمر (Franz Anton Mesmer) بود که از مغناطیس حیوانی برای درمانی مشکلات خواب استفاده کرد که این نوع درمان مسمریسم نام گرفت. او افراد ساده لوح را به اتاق تاریکی می برد تا به اصطلاح با مغناطیس حیوانی درمان شوند. شاید بزرگترین پیشرفتی که در این زمان اتفاق افتاد، کشف لوئیجی گالوانی بود. گالوانی نشان داد که سیستم عصبی دارای فعالیت الکتریکی است که باعث ایجاد رشته الکتروفیزویولوژی و از بین رفتن نظریه اخلاط چهارگانه شد. در این دوره پزشکی آماده ورود به دوران مدرن قرن 19 شده بود.