یکی از معضلات و علل اصلی پیشرفت کند مطالعات رؤیا، مشکلات روش­شناختی است. یکی از این مشکلات مشخص نبودن درجه یا میزانی است که گزارش رؤیا واقعا تجربه رؤیا را منعکس می­کند. مفید بودن روش­های متعدد جمع­آوری رؤیا، میزان نمایان­گر بودن افرادی که رؤیا می­بینند نیز همواره مورد سؤال بوده است. علاوه بر این ارزشمندی و روایی روش­های متعدد و مشکلات آماری نیز این مسئله را دو چندان دشوار می­کند. مطالعه رؤیا در طول تاریخ روان­شناسی همواره یک مطالعه منحصر به فرد بوده است زیرا اولا به هیچ وجه محتوای رؤیاها قابل دستکاری یا دستورالعمل دادن نیست و نمی­شود آن را به صورت کمی درآورد. در ثانی رؤیاها فقط توسط رؤیابین مشاهده می­شوند و توسط هیچ کس دیگر قابل مشاهده نیست. و ثالثا این که امکان گزارش رؤیا در هنگام مشاهده رؤیا امکان­پذیر نیست. بنابر این فرض که شرایط ذهنی در هنگام خواب و بیداری متفاوت است، گزارش­های رؤیا خیلی کم قابل اعتنا هستند (فیس، 1983، 1991).

به همین دلیل است که تجارب مورد مطالعه رؤیا برای روانشناسان فقط به صورت شفاهی یا کتبی است (و هیچ تصویری قابل مشاهده نیست). این مسئله این سؤال را برمی­انگیزد که گزارش­های رؤیا چقدر قابل اعتماد هستند. از طرف دیگر ادعا می­شود که رؤیاهایی با موضوعات خاص بیش­تر به خاطر می­ماند؛ بنابراین می­توان به این موضوع شک کرد که رؤیاهایی که مطالعه می­شوند نمونه درستی از همه رؤیاها باشند. با وجود همه این مسائل شواهدی وجود دارد که نشان می­دهد که گزارش­های رؤیا درک ما را از ساختار و محتوای رؤیاها افزایش می­دهد. بسیاری حتی شک کرده­اند که رؤیا وجود دارد. آن­ها می­گویند احتمالا رؤیا در فرایند بیدار شدن یا در حین تعریف کردن خواب ساخته می­شود. آن­ها مشاهده کرده­اند که حرکات چشم در حین خواب و امواج مغزی ثبت شده تناسبی با محتوای رؤیا ندارد.

 اما دو فرایند این حقیقت را ثابت می­کند که رؤیا در هنگام خواب اتفاق می­افتد: صحبت کردن در حال خواب و اختلالات رفتاری در زمان خواب REM. مطالعات دقیق تعداد زیادی از موارد صحبت در حال خواب نشان داد که مواردی که در هنگام خواب REM اتفاق می­افتد با گزارش­های رؤیابین بعد از بلافاصله بیدار شدن همخوانی کامل دارد (آرکین، 1981). شاهد مشخص­تر این که رؤیا در هنگام خواب اتفاق می­افتد مربوط به اختلالات رفتاری خواب است که مشخص شده است کارهای فرد در حال خواب با محتوای گزارش شده هماهنگ است. (ماچووالد و شنک، 2000). این شواهد همچنین دقت گزارش­های رؤیا را در بیش­تر موارد اثبات می­کند، حداقل زمانی که گزارش رؤیا بلافاصله بعد از بیداری باشد.